Вперёд, Анпанман! Давайте победим корабль с привидениями!!

Алхимия представлена как дисциплина с четкими правилами и ограничениями. Основными законами являются запрет на получение большего из меньшего и строжайший запрет на создание человека. Братья Эдвард и Альфонс Элрики, оставшись без родителей, решают нарушить второй запрет, чтобы воскресить свою мать. В результате неудачного алхимического акта Эдвард теряет левую ногу, а Альфонс - всё физическое тело; его душу удается закрепить на пустой броне.

Чтобы найти способ восстановить свои тела, братья начинают поиски философского камня. Эдвард становится государственным алхимиком, что дает ему доступ к ресурсам и библиотекам. Вместе с Альфонсом они путешествуют по стране Аместрис, расследуя случаи незаконного использования алхимии и собирая информацию о камне. Их путь осложняется противодействием со стороны различных организаций и раскрытием тайн, связанных с историей государства.